孔子与儒家的关系错综复杂，主要反映在先秦诸子百家、也包括儒家经典著作在秦初及秦未许多重大历史事件中逸失：首先是在秦始皇的焚书坑儒中对包括儒家著作在内诸子百家著作在民间的查禁焚毁，只留官方孤本；但孤本在秦未战争中未能保存下来，项羽对秦王宫室进行了大规模的破坏和焚毁，烧秦宫室，火三月...
