有段时间，红卫兵命令潘光旦到清华园草坪除草。潘光旦右腿截肢，不能像正常人那样蹲着，恳求能够携一小凳坐着拔草，竟遭到昔日的学生拒绝，被迫坐在潮湿的草地上，像牲畜一样爬行着除草，以致受到寒冷侵袭，膀胱发炎，医院却拒绝收治。拖延到1967年5月，病势日趋沉重。6月10日晚，在惨痛哀嚎中，潘光旦死于费孝通怀中。费孝通有16字形容当时惨景：“日夕旁伺，无力拯援，凄风惨雨，徒呼奈何。”
